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Geboren um 1490 in Horb am Neckar als Sohn eines kirchlichen Beamten, lernte das Kürschnerhandwerk, ließ sich in Memmingen nieder und gründete einen Hausstand.
In Memmingen machte er die Bekanntschaft von Christian Schappeler, Mitkämpfer seit 1523 für die Reformation.
Zwischen 1523 und 1525 verfasste Sebastian Lotzer fünf reformatorische Flugschriften, darunter die „Zwölf Artikel der Bauernschaft“. Die Flugschrift, teilweise auch von Schappeler mit verfasst, wurde zum offiziellen Programm der Bauern. Gefordert wurden soziale Reformen, etwa die Aufhebung der Leibeigenschaft, das Verbot willkürlicher Bestrafungen, oder die Aufhebung ungerechter Abgaben an die Grundherren. Die Flugschrift wurde 1525 in Augsburg gedruckt. Innerhalb weniger Wochen folgten zahlreiche Nachdrucke. Die Forschung hat insgesamt 25 verschiedene Druckfassungen aus 15 Druckorten festgestellt. Die weite Verbreitung der Schrift bezeugt die Bedeutung, die sie in kürzester Zeit gewann. Überall wurde sie zum Manifest der aufständischen Bauern.
Während des Bauernkrieges war Lotzer Feldschreiber des Baldringer Haufens unter Ulrich Schmied. Lotzer verfasste auch die friedlichen Schreiben des Bauernausschusses an den schwäbischen Bund. Er konnte sich mit seiner friedlichen Gesinnung jedoch nicht durchsetzen. Nach der Niederschlagung der Aufstände floh Sebastian Lotzer nach Sankt Gallen, dort verliert sich seine Spur. Es ist anzunehmen, dass er durch die Hilfe seines einflussreichen Bruders Johannes, eines Doktors der Medizin, mit geänderten Namen weiterleben konnte.